Su kirliliğine etki eden başlıca etmenler sanayileşme, şehirleşme, nüfus artışı, zirai faaliyetlerdir. Bu etmenler sonucunda suların kirlenmesi ile kolera, tifo, dizanteri, hepatit, ishal, çocuk felci, sıtma gibi hastalıklar insanlara bulaşmaktadır. Bütün dünyada ve ülkemizde su kaynaklarına olan ihtiyaca paralel olarak sınırlı olan bu kaynaklar üzerindeki kirlilik giderek artmaktadır.

Gerek atıksuların gerekse zirai gübrelerin kuyu sularına bulaşması sonucu amonyak ve nitrit gibi kimyasal maddelerin konsantrasyonu artmakta ve bu durum insan sağlığını olumsuz yönde etkilemektedir. Ayrıca yeraltı sularına ulaşan tarımsal ilaçlardan meydana gelen zehirlenmeler de ölümlere yol açabilmektedir.

Atıksulardaki kimyasal maddeler ve organik bileşikler suda çözünmüş olan oksijenin miktarının azalmasına sebep olur. Bu da suda yaşayan bitki ve hayvanların ölüm oranlarını artırmaktadır. Bu da suda yaşayan canlı organizmaların ve bu suların kullanıldığı çevrelerin doğal dengesini bozar. Bu tür sular daha koyu renge ve pis kokuya sahiptirler. Hatta bazı göller veya derelerde aşırı kirlenme sonucu canlı yaşamı sona ermiş ve içerisinde atıklardan meydana gelen adacıklar oluşmuştur.

Çiftçiler tarafından kullanılan gübreler, yağmur gibi etkenlerle yeraltı ve yerüstü sularına karışmaktadır. Yüksek oranda nitrat ve fosfat içeren gübreler suya karıştığında suda yosunların daha fazla üremesini sağlar bu da yosunların diğer canlılardan daha fazla oksijen kullanmasına sebep olur ve diğer canlıları tehdit eder.

Hayvanların su kirliliğinden etkilenmesi, beslenme sırasında aldıkları kirletici maddelerden, su canlılarının ise hem beslenme hem de içinde yaşadıkları su ortamında kirlenmeye bağlı olarak ortaya çıkmaktadır. Kirli suların hayvanlar tarafından içilmesi, kimyasal madde karışmış sularla yem bitkilerinin sulanması ve yetiştirilen bu bitkilerin hayvanlara yedirilmesi hastalık yapıcı mikroorganizmalar ve zararlı kimyasalların beslenme yolu ile hayvan vücuduna geçmesine neden olur. Kirli sulardan hastalık kapmış ya da kirli sulardaki kimyasalları vücutlarına almış olan bu hayvanların et, süt ve yumurtalarının insanlar tarafından tüketilmesi ise dolaylı olarak insanları etkilemektedir. Su kirliliği uzun vadede, canlıların yaşamında ve dağılımında değişikliğe yol açar. Özellikle su canlılarının bazılarının sayısı azalırken, kirleticilere dirençli başka canlılar sayıca artış gösterir. Sulardaki kimyasal kirliliğe bağlı olarak pek çok su canlısı yok olma tehlikesindedir.

Çeşitli nedenlere kirlenen toprağın yağışla birlikte toprak altına sızan suların bitkiler tarafından kökleri ile topraktan almasıyla bitkilere zarar vermektedir. Bitkilerin kökleri ile topraktan aldıkları bu zararlı maddeler ile hem fiziksel hem de kimyasal olarak kirlenmeleri verimin düşmesine zaman içerisinde de bitkilerin kurumasına neden olmaktadır.

Evsel ve sanayi atıkları genellikle akarsulara boşaltılmaktadır. Kirlenen bu suların çoğu zaman tarımsal alanlarda kullanılması toprağın kirlenmesine neden olmaktadır. Kirli suların içinde bulunan zararlı maddeler toprağın kimyasal yapısını ve biyolojik koşullarını olumsuz yönde etkileyerek ürünlerde kalite ve verimin düşmesine, zaman içerisinde bu toprakların çoraklaşmasına sebep olmaktadır.